Le projet du Lycée Averroès a débuté en 1994. Cette année là, et après un nombre de polémiques sur le voile des filles musulmanes dans les collèges et lycées, 19 filles du Lycée Faidherbe à Lille sont exclues car refusant de retirer leur voile. La communauté musulmane de Lille s’en émeut et décide de leur venir en aide. C’est ainsi que, très rapidement, la mosquée de Lille Sud Al Imane (la Grande Mosquée de Lille), décide de les accompagner dans leur scolarité et met à leur disposition des locaux ainsi qu’un nombre de professeurs issus de la communauté. C’est dans ce contexte que l’idée d’un lycée privé musulman germe.

        En 2001, l’ « Association Averroès » est créée et a vocation à fonder le 1^er lycée privé musulman de France. Cela dit, le voile des femmes musulmanes n’a pas fini d’intéresser le politique français. Après la circulaire du 20 septembre 1994 qui avait amené les filles de Faidherbe à faire leur scolarité à travers le CNED, certains considèrent que cette circulaire ne va pas assez loin et une loi se prépare pour acter l’interdiction du voile dans les établissements scolaires publics.

        Entre-temps, le Lycée Averroès ouvre enfin ses portes à la rentrée 2003 après avoir reçu l’accord de la part du Conseil supérieur de l’éducation nationale. Le Lycée s’installe dans les locaux de la mosquée Al Imane, la même qui avait recueilli les 19 élèves presque 10 ans plus tôt. La rentrée 2003 est un grand défi pour le Lycée Averroès qui se retrouve le jour de la rentrée avec 11 élèves seulement constituant une classe de 2^nde générale. Ce jour là, il y avait plus de professeurs que d’élèves et plus de journalistes – venus du monde entier – que d’élèves. C’est le 1^er lycée privé musulman français qui vient d’ouvrir.

        Les premiers bacheliers du Lycée obtiennent leur diplôme en 2006. Assez rapidement, le Lycée Averroès s’installe dans des résultats très honorables voire excellents. Dès 2008 (3^ème promotion), le Lycée Averroès obtient 100% de réussite au Baccalauréat. En 2013, il renouvelle la performance et se classe meilleur lycée de France, devant des lycées parisiens prestigieux comme Louis Le Grand ou Henri IV. En 2018, le Lycée Averroès est classé meilleur lycée de la métropole lilloise, meilleur lycée du Nord, 2^ème meilleur lycée des Hauts de France et parmi les meilleurs lycées de France. Autant de reconnaissance qui, loin de rassasier le perfectionnisme irrassasiable de l'équipe administrative et pédagogique du Lycée Averroès, présage un avenir encore plus rayonnant pour celui-ci.